1.使用显微镜时，首先应注意显微镜的接电规格（110V或220V）并插接正确的插座。
2.由保存箱中取出显微镜或移开防尘套，取出时应以右手持镜臂，左手托住镜座。取出后应检查显微镜是否脏污，如有脏污应以拭镜纸沾些许95%酒精除去接物镜上的尘埃或污染物。
3.打开并调整适当光源，避免灯源过高度太强，使微生物检体乾凅死。
4.以塑胶吸管取出待观察之微生物置于载玻片上，再用盖玻片以45度角盖下，避免产生气泡。
5.将已制作完成的检体标本置于显微镜载物台上，以玻片夹固定两端;操作者的左眼对準接目镜观察，调整光源与光圈使显微镜视野亮度均匀，通常先以低倍接物镜开始检测为生物。
6.眼镜就接目镜位置，转动粗调节轮使低倍物镜下降几乎与检体玻片相接，待物象出现后，再转动细调节轮反覆微调，直到影像清晰为止。
7. 镜检时两眼同视，寻找适当目标，将目标调到视野中央观察。
8. 更换高倍物镜观察，并利用细调节轮对準焦距，重新调整光圈至适当亮度，再转动细调节轮反覆微调，直到物象清晰为止。
9. 观察时两眼同时张开以左眼观察，右眼描绘结果。由于高倍率物镜焦距很浅，因此必须一方面转动细调节轮，一面描绘结果。描绘时不可有操作者的主观意识，且所观察之实验结果应全数绘入，不可选择性填入。